دوره جامع طراحی پرایمر

دوره جامع طراحی پرایمر: PCR، تکنیکی است که به منظور تکثیر یک قطعه معینی از DNA، انجام می شود. مهم ترین عامل در نتیجه نهایی واکنش زنجیره ای پلیمراز، استفاده از مولکول آغازگر مناسب است. این تکنیک، در سال 1983 توسط یک بیوشیمیست آمریکایی ارائه شد. امروزه PCR در بسیاری از آزمایشگاه‌ های پژوهشی، آموزشی و خدماتی با اهداف مختلف استفاده می‌شود. جهت این که annealing طی واکنش زنجیره ای پلیمراز به درستی اتفاق بیفتد؛ باید دمای ذوب هر دو مولکول آغازگر (forward) و( reverse)  مشابه باشد. همچنین، در طی فرایند واکنش های زنجیره ای پلیمراز، باید امکان اتصال اشتباه به توالی‌ های مشابه را به حداقل رساند. همه موارد فوق، اهمیت طراحی مولکول آغازگر، در واکنش های زنجیره ای پلیمراز را نشان می دهند.

کاربرد این تکنیک

طراحی مولکول های آغازگر، به صورت های مختلفی انجام می شود؛ که عبارتند از: روش کلاسیک و روش اتوماتیک. موجودات زنده، فقط از آغازگرهای RNA استفاده می‌کنند. این در حالی است که آغازگر های مورد استفاده در آزمایشگاه ها، معمولاً آغازگر های DNA هستند. از این رو، در آزمایشات مولکولی و پزشکی، انواعی از آغازگر های DNA و RNA مورد نیاز هستند. برای مثال، برخی از انواع پرایمر های RNA عبارتند از: miRNA، lncRNA و….

همان طور که مطلع هستید؛ مولکول های آغازگر با توجه به کاربردی که دارند؛ برای اهداف گوناگونی طراحی می شوند. به عنوان نمونه، برای مواردی همچون: مناطق تحت حفاظت ژنی، واریانت های مختلف، جهش زایی، کلونینگ و… طراحی پرایمر به صورت اختصاصی صورت می گیرد.

در حقیقت، کاربرد اساسی مولکول های آغازگر، در واکنش های زنجیره ای پلیمراز است. از جمله کاربرد های این واکنش، می توان به موارد زیر اشاره کرد:  تحقیقات جنایی- تعیین جنسیت جنین- جداسازی DNA ژنومی- تشخیص سرطان – انگشت نگاری ژنتیکی- تعیین توالی DNA- کلونینگ و….

واکنش زنجیره ای پلیمراز، انواعی دارد؛ که با توجه به نوع آن، نیاز به طراحی مولکول آغازگر مناسب، ضرورت می یابد. برخی از انواع PCR عبارتند از:

Multiplix-PCR: يکی از روش‌هاي تغيير يافته ‏واکنش زنجیره ای پلیمراز است؛ كه در آن تنها يك جايگاه ژني مورد بررسي قرار مي‌گيرد. در حقیقت در این روش با استفاده از پرايمر هاي مختلف مي‌توان چندين جايگاه را مورد بررسي قرار داد.

RT-PCR: اين روش، كه ماده اوليه در آن ‏RNA‏ است؛ به‏ نسخه ‌برداري معكوس نيز معروف است.

Real-Time PCR: در اين روش، زمان سيکل‌ هاي ‏واکنش زنجیره ای پلیمراز کاهش می یابد و مرحله ‏Post-PCR‏ حذف می شود. از این رو، سرعت اين سيستم، نسبت به ‏PCR‏ معمولي بیشتر است.

هدف از برگزاری دوره جامع طراحی پرایمر

با توجه به اهمیت یادگیری این تکنیک، باشگاه علمی آسو، قصد دارد دوره ای جامع، در این زمینه برای دانشجویان و پژوهشگران برگزار کند. دانشجویان در طی این دوره، با مبانی طراحی انواع پرایمر، با استفاده از نرم ‌افزار های مرتبط، آشنا می شوند. آن ها پس از فراگیری آموزش ها، می توانند با تسلط کافی، مولکول های آغازگر مورد نیاز خود را طراحی کنند. در حقیقت این دوره، که با عنوان” دوره جامع طراحی پرایمر”، برگزار می شود؛ صفر تا صد این تکنیک را به دانشجویان آموزش می دهد. سر فصل های این دوره آموزشی، عبارتند از:

  • جهش زایی با کمک طراحی پرایمر

طراحی پرایمر به صورت:

  • کلاسیک
  • اتوماتیک

طراحی مولکول آغازگر برای:

  • واریانت های مختلف
  • مناطق تحت حفاظت
  • کلونینگ
  • miRNA ها

پرایمر های:

  • دژنره
  • Realtime PCR
  • multiplex PCR

امروزه، نرم ‌افزار های گوناگونی برای طراحی انواع مولکول های آغازگر، در دسترس هستند. در حقیقت استفاده از این نرم افزار ها،  موجب صرفه جویی در وقت،‌ هزینه و نیروی انسانی می شود. نکته قابل توجه در مورد کار با این نرم افزار ها، اختلاف در نتیجه خروجی آن ‌ها است. در واقع این اختلاف،‌ در بیشتر موارد ناشی از الگوریتمی است که این برنامه‌ ها با آن کار می‌کنند. این امر، ممکن است باعث سردرگمی برای دانشجویان کم تجربه شود. همچنین، یک نرم ‌افزار به ‌تنهایی قادر نیست که تمامی نکات لازم برای طراحی یک مولکول آغازگر مناسب را ارائه دهد. همه این موارد، نشان می دهند که یادگیری اصول این تکنیک و کار با نرم افزار های مختلف آن، بسیار حائز اهمیت است. شما نیز جهت یادگیری این مهارت کاربردی، می توانید از ” دوره جامع طراحی پرایمر” که توسط باشگاه علمی آسو برگزار می شود؛ بهره ببرید.

 

 

نمایش یک نتیجه

اسکرول به بالا