در یافته های جدید دانشمندان درباره ی ویروم های روده، دانشمندان از کشف تعداد زیادی ژنوم و ژن های ویروسی روده خبر دادند. این مطالعه که در مجله mSystems چاپ شده است به بررسی نقش ویروس های روده در سلامت و بیماری انسان می پردازد.
دکتر ماتینسنز محقق اصلی این پژوهش می گوید: “ویروس های روده انسان هنوز به طور گسترده مورد بررسی قرار نگرفته اند. در آینده تعداد زیادی ویروس های جدید کشف خواهند شد؛ که برخی از آنها اثرات مهمی بر روی فرآیند های مهم در سلامت و بیماری انسان دارند.” روده انسان دارای اکوسیستم پیچیده ای از میکروارگانیسم ها است که از بین آنها، باکتری ها به طور گسترده مورد مطالعه قرار گرفته اند. این پروژه به کشف ویروس های روده کمک می کند.
خب حالا داستان چیه؟
به گفته دکتر ماتینسنز روند مطالعه بر روی ویروس های روده به کندی انجام می شود. هدف این پروژه، دستیابی به درک تعامل بین میزبان و میکروبیوم های روده انسان و نقش محور روده- کبد در مراحل اولیه بیماری کبد چرب الکلی و غیر‌الکلی است. دانشمندان در این پروژه، فهرستی از ژنوم های ویروسی تهیه کرده اند که در مطالعات بعدی بر روی چندین گروه از افراد مبتلا به مراحل اولیه بیماری کبد چرب الکلی و غیر‌الکلی استفاده شود.
روش تحقیقاتی این تیم
در مطالعه جدید ، محققان از 254 نمونه مدفوع از 204 فرد دانمارکی برای تهیه فهرست ویروم های روده ای دانمارکی[1] (DEVoC) استفاده کردند. گروه کودکان شامل 50 کودک و نوجوان (6 تا 18 ساله) با شاخص توده بدنی[2] (BMI) بالاتر از صدک 90 به همراه 50 نفرسالم هم سن و هم جنس از گروه کنترل بود. گروه بزرگسالان نیز (34 تا 76 سال) شامل 52 بیمار مبتلا به بیماری کبدی مرتبط با الکل و 52 نفر از افراد سالم گروه کنترل با BMI، جنس و سن یکسان بود.
تکنیک NetoVIR
پژوهشگران از تکنیک جدید غنی سازی ویروم ها (NetoVIR) برای خالص سازی تمام ذرات ویروسی از نمونه های مدفوع و تعیین توالی ژنوم آن ها با استفاده از فناوری های توالی‌یابی عمیق استفاده کردند. NetoVIR به محققان اجازه می دهد تا به یک پروتکل قابل تکرار و سریع برای توالی یابی نسل بعدی در آنالیز ویروس های روده دست یابند. علاوه بر این، آنها از ابزار پیشرفته بیوانفورماتیک برای شناسایی تقریباً 13 هزار ژنوم ویروسی (ناقص) استفاده کردند که بسیاری از آنها جدید بودند.
بررسی ژنوم ویروس ها
اگرچه ویروس های روده در هر فرد منحصر به فرد هستند؛ اما محققان 39 ژنوم را شناسایی کردند که حداقل در 10 فرد سالم وجود داشتند. 39 ژنوم کشف شده با مجموعه داده های عمومی ویروسی از سراسر جهان که چندین الگوی سن، جغرافیا و شیوع بیماری را نشان می دهند، مقایسه شدند. نتایج نشان می دهد دو ژنوم قابلیت شیوع بالایی در سراسر جهان دارند. اولین مورد یک فاژ like-crAss (شیوع 6/20٪) بود که به خانواده Alphaherpesvirinae تعلق داشت. در حالی که فاژ دوم؛ LoVEphage، یک فاژ معتدل بود که باعث آلودگی گونه Bacteroides dorei می شد (شیوع 14.4٪). همچنین فاژ دوم، فاژی است که توانایی نمایش چرخه زندگی لیزوژنیک را دارد. در نتیجه با غربال کردن، توانستند 18 ژنوم حلقوی LoVEphage اضافی (67.9 تا 72.4 جفت باز) را بازیابی کنند.
نتیجه گیری
طبق گفته های دکتر ماتینسنز، نتایج این تحقیقات نشان می دهد که ویروس های روده انسان هنوز به طور کامل مورد مطالعه قرار نگرفته اند. همچنین باید مطالعه عمیق تری بر روی باکتریوفاژ ها صورت گیرد. ما امیدواریم این مطالعات، آگاهی و بینش اساسی در مورد نقش ویروس های روده در پیشرفت بیماری کبد چرب الکلی و غیر الکلی را در محققان ایجاد کنند. علاوه بر این، ما همچنان به مطالعه ویروم ها برای شناسایی نشانگر های زیستی برای پیشرفت بیماری یا پیش بینی میزان موفقیت درمان، خواهیم پرداخت.
نتایج این مطالعه در mSystems ؛ مجله انجمن آمریکایی میکروبیولوژی، منتشر شد.
[1] Danish Enteric Virome Catalog [2] body mass index
مرجع
- Materials provided by American Society for Microbiology. Note: Content may be edited for style and length.
- Lore Van Espen, Emilie Glad Bak, Leen Beller, Lila Close, Ward Deboutte, Helene Bæk Juel, Trine Nielsen, Deniz Sinar, Lander De Coninck. Christine Frithioff-Bøjsøe, Cilius Esmann Fonvig, Suganya Jacobsen, Maria Kjærgaard, Maja Thiele, Anthony Fullam, Michael Kuhn. Jens-Christian Holm, Peer Bork, Aleksander Krag, Torben Hansen, Manimozhiyan Arumugam, Jelle Matthijnssens, Adrian Paskey. Ghjuvan Grimaud. A Previously Undescribed Highly Prevalent Phage Identified in a Danish Enteric Virome Catalog. mSystems, 2021; DOI: 10.1128/mSystems.00382-21
مترجم: پرنیا محمدی | تولید محتوا و ویراستار: مطهره تقی پور
